从秦代（公元前221年）至唐代（公元900年），南窖地区是北方少数民族的活动范围。在金代曾被驻军控制。金在陵寝之区设奉先县，今南窖地区在行政上应属奉先县管辖。
       元末明初战乱连连，一些难民为躲避战乱，翻越大房山，来南窖地区居住，至今仍有土著居民在南窖地区水峪上安居住的传说，从南窖西庙的古槐的树龄来推断，南窖西庙修建的年代距今600-700年的历史，更有先有南窖村四周的四棵大树后有南窖村的传说。
       明朝初年的几次大规模移民，应是南窖地区发展的初级，这时大西沟的冯；西安北安的付、沈、蔡；水峪的杨；南窖的霍；花港的隗等山西移民先后加入了南窖地区的开发，他们开荒造田，植树种柏，修坟建庙，子孙繁衍。明朝晚期，金朝的后裔女真人起兵反明，并改女真族为满族，建立后金政权，在东北屡屡打败明军，严重危及到明朝的统治，明朝的最高统治者，受惑阴阳学家，认为满人的祖陵金陵气太盛，所以在明朝天启年间捣毁金陵，在大房山顶上的崇圣宫、白云亭，也未能逃脱被毁的命运，明统治者为震慑金陵王气，在大房山上刻佛造像。猫耳山大平台，金陵崇圣宫的遗址的造像就是这时所建，据民间传说，有此类造像有72尊，它们藏于猫耳山各处。我主观推断今天猫耳山、南窖的称呼也应与这一历史毁陵事件有关。
        随着南窖先民的辛勤开发，南窖地区逐渐繁荣起来，迎来了他的成村时期，按明清村里制度的规定，“百户为里，五里为乡”的制度，这里“里”就是现在的村，清康熙志记载了，房山县179村，其中就有南窖、水峪两村的记录。
       南窖地区的真正繁荣，应是大房山麓煤炭资源的发现和大规模开采，据《房山县志》记载光绪十年今1884年，南窖地区就有：南窖村窑、水峪村窑、安子村窑、北窖村窑。煤炭的开采陆续吸引各地姓氏的居民来此地定居谋生。南窖成了河套沟富庶的乡村之一。随着南窖的文化事业也繁荣起来，南窖小学里的周公庙、西庙、北安大庙、水峪的娘娘庙、都在这时的到从修和扩建。南窖老街店铺林立、驼煤的商队来来往往，当时南窖村的富庶，可以从南窖老街略见一斑。南窖西庙倒落的残碑记录着光绪年间重修庙宇的捐款记录。
        军阀混战时期高线路权几易其手。卢沟桥事变后，高线落入日军之手，南窖人民进行着各种形式的抗日活动。
        1945年，抗日战争胜利，在中国共产党的领导下，南窖人民从此得到了解放。
        1981年1月1日，北京市矿务局工农区成立，南窖公社划归北京市矿务局管辖。南窖公社在工农区的领导下，从事政治和经济活动；但行政管理、行政工作由房山县领导。
        1981年4月20日，西安大队更名为“南安大队”。
        1983年，南窖公社更名为南窖乡。同年四月，乡政府成立，张文臣任南窖乡第一任乡长。刘春富任副乡长，党委书记仍由邢克良担任，李全才任管委会主任。
        1993年1月南窖划归房山区，撤销工农区办事处，党政企由房山区委、区政府领导。